Josué zat vanaf 2007 bij de jeugdopleiding van FC Porto. In 2009 werd hij uitgeleend aan Sporting Covilhã en het jaar daarop aan Penafiel. FC Porto besloot hem ook voor het derde jaar te verhuren, ditmaal aan VVV-Venlo, waar hij het seizoen 2010/2011 voor uitkwam. Na twee succesvolle seizoenen bij FC Paços de Ferreira werd hij in 2013 teruggehaald door Porto waar hij een contract voor vier seizoenen tekende. In 2014 werd hij voor twee seizoenen uitgeleend aan het Turkse Bursaspor en in 2016 voor één seizoen verhuurd aan Galatasaray. In 2021 vertrok de middenvelder naar Legia Warschau, waar hij uitgroeide tot aanvoerder. Josué kwam in oktober 2023 negatief in het nieuws, toen hij na afloop van een uitwedstrijd bij AZ in de UEFA Conference League werd gearresteerd.[1] Het Openbaar Ministerie stelde een onderzoek naar hem in op verdenking van mishandeling van AZ-personeel.[2]