Mertelj begon met spelen bij Triglav, in zijn geboorteplaats. Hij bleef daar totdat FC Koper hem in 2008 overnam. Daarvoor speelde hij in zijn eerste seizoen vijfendertig duels, waarin hij drie keer scoorde. Mertelj tekende in juli 2009 vervolgens een contract bij NK Maribor. Na negen seizoenen liet Mertelj die club achter zich.[1] Het Tsjechische MFK Karviná nam de middenvelder hierop over en gaf hem een contract voor één seizoen.[2] Na een half seizoen vertrok de Sloveen weer.[3] Een maand later vond Mertelj in Triglav zijn nieuwe werkgever.[4] Na zijn vertrek bij Triglav in de zomer van 2020 zat hij een halfjaar zonder club, waarna hij voor SV Wildon tekende. Mertelj besloot in de zomer van 2021 op vierendertigjarige leeftijd een punt te zetten achter zijn actieve loopbaan.