In 1994 verloor de club de bekerfinale van Sporting Clube Praia Cruz, twee jaar later wist het wel de bekerfinale te winnen.[1] Nog nooit werd de eiland- of landstitel behaald. In 2001 won FC Aliança Nacional haar poule op het tweede niveau en promoveerde.[2] Na een paar jaar in de middenmoot te hebben gehangen[3][4][5] betekende de 12e plek in het seizoen 2009/10 weer degradatie,[6] hoewel de club in 2014 weer op het hoogste niveau speelde.[7]