Mendoza speelde 36 officiële interlands voor Chili, en scoorde één keer voor de nationale ploeg in de periode 1991-1997. Hij maakte zijn debuut in de vriendschappelijke thuiswedstrijd tegen Ecuador (3-1-overwinning) op 30 juni1991 in Santiago. Mendoza nam met Chili deel aan drie opeenvolgende edities van de Copa América: 1991, 1993 en 1995.