Tussen 1520 en 1525 werd Holašovice getroffen door de pest, waarbij slechts 2 inwoners overleefden. In 1945 werd de Duitstalige bevolking uit Holašovice verdreven en verviel het dorp. In 1990 werd een begin gemaakt met het herstel van het oude dorp en sinds 1998 staat het dorp op de Werelderfgoedlijst van UNESCO.