Rajala kwam in totaal 26 keer (twee doelpunten) uit voor de nationale ploeg van Estland in de periode 1992-1996. Hij maakte zijn debuut onder leiding van bondscoach Uno Piir in de WK-kwalificatiewedstrijd tegen Malta (0-0) op 25 oktober1992 in Ta' Qali, toen hij na 75 minuten aantrad als vervanger van Aleksandr Puštov. Rajala was in 1991 al in actie gekomen tijdens de twee officieuze duels die de Esten dat jaar speelden in het kader van de strijd om de Baltische Cup.