Aansluitend werd De Kruijf trainer en hij trainde zowel de jeugd van N.E.C. als van FC Omniworld. Bij die club trainde hij ook de amateurtak. In het seizoen 2011/12 trainde hij in NigeriaHeartland FC waarmee hij de beker van Nigeria won.[1] Van april 2013 tot oktober 2014 was De Kruif bondscoach van het Bengalees voetbalelftal.[2] Begin 2015 keerde hij terug in die functie.[3] Op het toernooi om de Bangabandhu Gold Cup won hij met Bangladesh een zilveren medaille. Begin september 2015 werd de aanstelling van De Kruijf bij Bangladesh wederom ontbonden.[4] Vervolgens ging hij aan de slag als trainer van vv DUNO. Daar werd hij op 18 februari 2019 ontslagen. Medio 2019 werd hij trainer van UDI '19. Vanaf het seizoen 2023/24 wordt De Kruijf trainer van AWC.