Ndenbe is afkomstig uit de jeugdopleiding van Royal Excel Moeskroen. In 2017 trok hij naar KV Oostende. Op 6 mei 2018 debuteerde hij in Eerste klasse tijdens de Play-off 2-wedstrijd tegen KFCO Beerschot-Wilrijk. De linksachter speelde de volledige wedstrijd.[2] Ndenbe klokte in zijn debuutseizoen af op drie wedstrijden.
In het seizoen 2018/19 speelde Ndenbe tijdens de eerste twee competitiewedstrijden van het seizoen, maar naarna miste hij een groot deel van het seizoen vanwege een zware knieblessure.[3] Ndenbe maakte op de slotspeeldag van Play-off 2 zijn wederoptreden tegen KFCO Beerschot Wilrijk.
In juni 2020 maakte Ndenbe de overstap naar de Franse tweedeklasser EA Guingamp.[4]
In januari 2022 ondertekende hij een contract voor drie seizoenen met optie op een extra seizoen bij de Amerikaanse eersteklasser Sporting Kansas City.[5]