In 1985 ging Ishii naar de Juntendo University, waar hij in het schoolteam voetbalde. Nadat hij in 1989 afstudeerde, ging Ishii spelen voor NTT Kanto. In 2 jaar speelde hij er 43 competitiewedstrijden. Hij tekende in 1991 bij Sumitomo Metal, de voorloper van Kashima Antlers. Met deze club werd hij in 1996 kampioen van Japan. In 7 jaar speelde hij er 109 competitiewedstrijden en scoorde 3 goals. Hij tekende in 1998 bij Avispa Fukuoka. Ishii beëindigde zijn spelersloopbaan in 1998.