In het seizoen 2008/09, zijn eerste seizoen bij Gaborone United, werd hij met zijn club landskampioen. Drie seizoenen later, in het seizoen 2010/11, won hij de beker.
In 2014 tekende hij een huurcontract voor twee jaar bij Atlético Madrid, dat hem direct stalde bij satellietclub Atlético de Kolkata. Op 12 oktober 2014 maakte hij in de gewonnen wedstrijd tegen Mumbai City FC zijn debuut voor Atlético de Kolkata in de Indian Super League. Na een seizoen waarin de club het kampioenschap won, zou Nato terugkeren naar Spanje. Vanwege zijn werkvergunning – het Spaanse proces kan drie tot zes maanden duren – moest Nato wachten voordat hij weer kon spelen.[2]
Op 6 februari 2015 tekende Nato een contract voor zes maanden bij zijn oude club Gaborone United.[2]