Het eerste orgel van de Nieuwe kerk was een elektro-pneumatisch instrument van de firma Bern. Pels en Zoon te Alkmaar. Het werd in 1941 gebouwd en was gesitueerd boven de kansel, terwijl de speeltafel zich op de galerij bevond. Het had 1821 pijpen in de volgende dispositie:
Een aantal geplande registers kon door de Tweede Wereldoorlog pas later worden geplaatst. Op advies van organist Feike Asma zijn in 1956 een aantal registers vervangen.
Op 25 november 1981 is een Van Vulpen orgel in gebruik genomen. Dit orgel is op de galerij boven de hoofdingang geplaatst en heeft de volgende dispositie: