Op 21 september 2013 leidde Farrugia zijn eerste wedstrijd in de Maltese nationale competitie. Tijdens het duel tussen Valletta en Naxxar Lions (1–0) trok de leidsman zesmaal de gele kaart.[1] In Europees verband debuteerde hij tijdens een wedstrijd tussen MŠK Žilina en Dila Gori in de tweede voorronde van de Conference League; het eindigde in 5–1 en Farrugia gaf vijf gele kaarten.[2] Zijn eerste interland had hij daarvoor al gefloten op 7 juni 2021, toen Andorra met 0–0 gelijkspeelde tegen Gibraltar. Tijdens dit duel gaf Farrugia twee gele kaarten.[3]
Malta
Andorra – Gibraltar 
Albanië – Estland 
Kroatië – Letland 
Wales – Gibraltar 
Denemarken – Faeröer 