De flora en fauna van de Filipijnen worden gekenmerkt door een hoge biodiversiteit. Gunstige landschappelijke en klimatologische omstandigheden hebben geleid tot de aanwezigheid van veel verschillende planten- en diersoorten. De geïsoleerde ligging van de eilandengroep heeft er bovendien voor gezorgd dat een relatief groot deel van de in de Filipijnen voorkomende dieren en planten zich sterk heeft gespecialiseerd.
Veel van deze endemische planten- en diersoorten worden echter ernstig bedreigd. Een van de belangrijkste oorzaken hiervoor is de grootschalige ontbossing van de Filipijnen door (illegale) houtkap, mijnbouw en landbouw. Rond 1900 was nog zo’n 210.000 km² (70%) van het land bedekt door oerwouden. In 2009 was dat gebied met een factor tien afgenomen tot 21.000 km² (7%). Vanwege de hoge biodiversiteit en de grote afname van de natuurlijke leefomgeving van veel soorten werden de Filipijnen door Conservation International uitgeroepen tot een van de 25 biodiversiteit hotspots van de wereld.
