Het was een heuvelrit met drie beklimmingen van de derde, twee van de tweede en een van de eerste categorie. De etappe had een tussensprint op 105 km bij Linthal.
Vanuit de start werd er gedemarreerd door een groep van 17 met onder anderen Laurens ten Dam en Tom Dumoulin. Zij werden op de eerste klim terug gepakt. Tony Martin en Alessandro De Marchi wisten wel een gat te slaan. Een groep van 28 renners, waaronder Pierre Rolland en Tony Gallopin, ging in de achtervolging. In de afdaling van de tweede klim ging Lars Boom vanuit deze groep proberen het gat met de koplopers te overbruggen, maar hij werd weer ingerekend door de groep. Bij de top van de Côte des Cinq Châteaux was de voorsprong van Martin en De Marchi, die tot 30 seconden was geslonken, teruggegroeid naar bijna 1 minuut. De voorsprong op het peloton bedroeg 3.48. In de beklimming van de Côte de Gueberschwihr moest een aantal renners uit de achtervolgende groep lossen, waaronder Lars Boom en Sylvain Chavanel.
In het eerste deel van de beklimming van Le Markstein-Grand Ballon kwam de achtervolgende groep, die voorheen tijd had verloren, terug richting Martin en De Marchi. Martin sprong weg van De Marchi, en kreeg daarna weer meer voorsprong op de achtervolgers, waarvan Gallopin virtueel in het geel reed. Hoewel het nog niet tot een felle achtervolging kwam, werd de groep wel kleiner. Bij de streep op de Markstein had De Marchi ruim 2 minuten achterstand, de groep ruim 3 minuten en het peloton 8 1/2 minuut. Joaquim Rodríguez reed weg uit de achtervolgingsgroep om het puntje voor het bergklassement te pakken. Thibaut Pinot ontsnapte nog uit het peloton, maar wist niet weg te blijven.
In de afdaling reed Gallopin weg van de achtervolgende groep. Mikaël Cherel wist zich nog bij hem te voegen. 10 kilometer voor de finish werden ze weer bijgehaald. De verschillen bleven ongeveer gelijk - de groep op 3 minuten, het peloton op 8 minuten. In de kopgroep ging Greg Van Avermaet de sprint aan, maar werd op de streep ingehaald door Fabian Cancellara. Tony Gallopin nam de gele trui over van Vincenzo Nibali en Tiago Machado steeg naar de derde plaats in het algemeen klassement.
.svg){kind=small}
Tony Martin
Alessandro de Marchi
Alexandre Pichot
Tom Dumoulin.svg){kind=small}
Greg Van Avermaet
Christian Meier
Daniel Navarro
Kristjan Koren
.svg){kind=small}
· 
· 
