Lieberknecht begon zijn loopbaan als trainer bij de club waar hij die als speler eindigde, Eintracht Braunschweig. Direct na zijn voetbalpensioen werd hij namelijk jeugdtrainer. Het eerste elftal was echter niet goed bezig en het leek zich niet te gaan kwalificeren voor de play-offs voor promotie naar de 3. Liga. Lieberknecht werd daarop naar voren geschoven als vervanger voor de opgestapte Benno Möhlmann.[2] In 2011 wist hij met Braunschweig te promoveren naar de 2. Bundesliga en twee jaar later keerde de club na 28 jaar terug op het hoogste niveau.[3] Op 1 oktober 2018 ging hij aan de slag bij MSV Duisburg, waar hij de opvolger was van Iliya Gruev.[4]