Alonen kwam in totaal 71 keer (nul doelpunten) uit voor de nationale ploeg van Estland in de periode 1992-2001. Hij maakte zijn debuut onder leiding van bondscoach Uno Piir in de eerste officiële interland van het Baltische land sinds de onafhankelijkheid van de Sovjet-Unie: een vriendschappelijk duel op 3 juni1992 tegen Slovenië (1-1) in Tallinn. Hij viel in dat duel na 86 minuten in voor Risto Kallaste.