Ndayishimiye verliet op 21-jarige leeftijd zijn thuisland Burundi om in de Turkse eersteklasse bij Yeni Malatyaspor te gaan voetballen. Voor deze club debuteerde hij op 1 maart 2020 in een match tegen Denizlispor die met 2-0 verloren werd.
Na 1 seizoen bij Malatyaspor verkaste hij voor € 2.150.000 naar de toenmalige kampioen van Turkije, Istanbul Başakşehir. Voor Başakşehir debuteerde Ndayishimiye in een uitwedstrijd tegen Galatasaray, hij mocht slecht 2 minuten spelen. De match werd met 3-0 verloren. Begin 2023 maakte hij voor €11.500.000 een transfer naar OGC Nice.[1]