Het Afrikaans kampioenschap voetbal onder 20 van 2003 was een editie van het Afrikaans kampioenschap voetbal onder 20, een tweejaarlijks CAF-toernooi voor nationale ploegen van spelers onder de 20 jaar. Acht landen namen deel aan dit toernooi dat van 4 tot en met 18 januari in Burkina Faso werd gespeeld. Egypte werd voor de derde keer winnaar van het toernooi. In de finale werd Ivoorkust met 4–3 verslagen. Mali werd derde.[1]
De kwalificatie werd een jaar eerder afgewerkt. Er werden steeds een uit- en thuiswedstrijd gespeeld tussen 2 landen waarvan de winnaar door gaat naar de volgende ronde. De voorronde werd gespeeld tussen 6 en 21 april. De eerste ronde tussen 20 juli en 11 augustus en de tweede ronde tussen 28 september en 20 oktober.