Francisco Javier Fernández Torrejón (Santiago, 19 augustus 1975) is een voormalig Chileens voetballer.
Fernández speelde tussen 1992 en 2006 voor Colo-Colo, Deportes Temuco, Santiago Morning, Universidad Católica, Mito HollyHock en La Serena.
Fernández kwam in totaal twee keer uit voor de nationale ploeg van Chili in de periode 1991–1993. Onder leiding van bondscoach Nelson Acosta maakte hij zijn debuut op 9 februari 2000 in de vriendschappelijke thuiswedstrijd tegen Australië (2-1).