Fernandes speelde in de jeugd bij SC Frielas en Benfica. Op 10 augustus 2018 debuteerde hij in de Primeira Liga tegen Vitória Guimarães.
Hij speelde de volledige wedstrijd, die Benfica met 3-2 won dankzij een hattrick van Pizzi.[3] Hij kwam dat seizoen 22 competitiewedstrijden in actie, waarvan de helft in de basis.
Benfica verhuurde Fernandes in januari 2020 voor anderhalf jaar aan Tottenham Hotspur, dat daarbij een optie tot koop bedong.[4]