Celis stroomde in 2011 door vanuit de jeugdopleiding van Barranquilla. In 2012 trok hij naar Atlético Junior, waarvoor hij zes doelpunten maakte in 96 competitiewedstrijden. Op 11 maart 2012 debuteerde hij in de Colombiaanse competitie tegen Patriotas Boyacá.[3] In juli 2016 tekende Celis een vijfjarig contract bij SL Benfica, dat 2,2 miljoen euro veil had voor de defensieve middenvelder.