Nog voor het begin van het nieuwe seizoen werd het Polman Stadion met 2.000 stoelen uitgebreid zodat de capaciteit ruim 8.500 toeschouwers bedroeg. Voor aanvang van het seizoen gold Heracles Almelo als de voornaamste degradatiekandidaat. De technische staf benutte het bescheiden budget echter om een aantal ervaren krachten aan te trekken, onder wie middenvelder Rob Maas en doelman Martin Pieckenhagen.
Onder leiding van tweedejaars trainer-coach Peter Bosz eindigde Heracles Almelo op de dertiende plaats in de eindrangschikking, mede dankzij gelijke spelen tegen kampioenskandidaten PSV, Ajax en AZ. In het bekertoernooi won de club weliswaar in de eerste ronde van de amateurs van RKSV DCG uit Amsterdam, maar Heracles werd door de KNVB gediskwalificeerd vanwege het opstellen van een niet-speelgerechtigde speler, te weten Sergio Hellings.
Topscorer van Heracles Almelo in het seizoen 2005-2006 werd de Japanse aanvaller Sota Hirayama met acht doelpunten. Hij was, na een mislukte stage bij Feyenoord, overgekomen van Tsukuba University.
In de play-offs om een deelnamebewijs aan de UEFA Intertoto Cup verloor Heracles over twee duels van NEC. Op de 2-0 nederlaag op eigen veld door treffers van NEC-spelers Björn van der Doelen en Saïd Boutahar volgde weliswaar een 3-2 overwinning in Nijmegen (doelpunten Thijs Sluijter (2) en Marnix Smit), maar dat was niet voldoende voor een plaats in de volgende ronde.