Van der Willigen trouwde op 19 maart 1896 met Philips.[1][2][3] Het paar kreeg geen kinderen. Ze stichtte met haar man in 1916 het Philips-van der Willigen Studiefonds, dat (tot en met 2015) kinderen van medewerkers in staat stelde een studie naar keuze, uitgezonderd theologie, te volgen.[4][5]
Johanna van der Willigen overleed op in januari 1942 op 79-jarige leeftijd.[6] Haar echtgenoot overleed vier dagen later, op de dag dat haar uitvaart plaatsvond.
Het echtpaar Philips-van der Willigen liet een verzameling schilderijen, aquarellen en kunstvoorwerpen na aan het Haagse Gemeentemuseum, onder meer Quai du Louvre van Claude Monet.[7][8]Museum Boijmans Van Beuningen in Rotterdam ontving een zestal schilderijen en Delfts aardewerk en Chinees porselein, onder meer Stilleven van druiven en andere vruchten van Abraham Mignon.[9][10]