Morales speelde in totaal 24 officiële interlands (elf doelpunten) voor zijn vaderland Uruguay. Hij maakte zijn debuut voor de nationale ploeg op 18 mei1966 in de vriendschappelijke thuiswedstrijd tegen Paraguay (3-1). Hij nam met zijn vaderland deel aan de WK-eindronde in 1970, toen Uruguay beslag legde op de vierde plaats.