Het orgel van de Bovenkerk stamt uit de jaren 1670-1676. In 1742 is dit orgel in zijn geheel vernieuwd door Albertus Antoni Hinsz en is daarom tegenwoordig beter bekend als het Hinsz-orgel.
Naast het Hinsz-orgel bevindt er zich sinds 1999 ook nog een 29 registers tellend koororgel in de kerk. Opmerkelijk aan dit orgel is dat het een klaroenregister bevat dat zich op het dak van het bovenwerk bevindt.[1]
Hieronder volgt de dispositie:
In 2012 werd door de firma Steendam een kistorgel opgeleverd. Dit orgel bestaat uit een enkel register, namelijk de Gedekt 8' en is bedoeld voor de begeleiding van kleine ensembles.[2]