Van der Werff speelde in de jeugd van FC St. Gallen, waar hij in het seizoen 2005/06 in het tweede elftal speelde. In 2006 vertrok hij naar Brühl St. Gallen, waar hij tien jaar speelde. In het seizoen 2011/12 speelde hij met Brühl in de Challenge League, het tweede niveau van Zwitserland. Brühl eindigde 20e, en degradeerde weer naar de Promotion League. Vanaf 2016 speelt hij bij FC Gossau. Medio 2021 beëindigde hij zijn sportloopbaan.