Marinus begon zijn loopbaan in de jeugd van VV Zuidwolde. Op 12-jarige leeftijd maakte hij de overstap naar sc Heerenveen. In 2014 nam PEC Zwolle hem over.[1]. Na het vertrek van Jesper Drost en de blessures van Mustafa Saymak en Stefan Nijland mocht hij op 12 augustus 2015 in de basis beginnen in de thuiswedstrijd tegen SC Cambuur. Op 15 augustus2015 maakte Wouter Marinus zijn eerste doelpunt in het betaalde voetbal in het duel tegen De Graafschap. Na vier seizoenen in Zwolle te hebben gespeeld maakte hij de overstap naar FC Emmen[2]. Na twee seizoenen, waarin hij in totaal 14 wedstrijden speelde, werd zijn contract aldaar niet verlengd.